こんにちは
VMDKファイルをそのままの形式でバックアップするわけではないのですが、
OVFでエクスポートしてみてはどうでしょうか。
ESX4.0 上の仮想マシン（仮想サーバ）イメージを、
vSphere Clientを実行しているWindowsに保存できます。
下記の、「OVFテンプレートのエクスポート」というあたりの方法です。
vSphere 基本システム管理 ESX 4.0
第 9 章 OVF テンプレートのデプロイ
http://www.vmware.com/files/jp/pdf/vsp_40_admin_guide_ja.pdf#page=99
物理サーバ（Win2k3）でvSphere Clientを起動してESX に接続し、
仮想サーバのイメージ（Win2k sp4）をエクスポート（バックアップ）します。
Windows上に普通のファイルとして保存することができ、
バージョンの違うESX/ESXi にインポート（リストア）することもできるので便利です。
以上です。参考になりますでしょうか。